Träger des Studienkollegs St. Johann ist die "Schulstiftung Studienkolleg St. Johann Blönried". Sie ist eine kirchliche Stiftung öffentlichen Rechts und Teil der Schulorganisation der Diözese Rottenburg-Stuttgart (Stiftung Katholische Freie Schule). Bis Mitte 2008 war das Missionshaus St. Johann in Aulendorf-Blönried, eine Niederlassung der Steyler Missionare, der Träger des Studienkollegs St. Johann Blönried.

Mitglieder des Stiftungsrates sind die Elternbeiratsvorsitzende Marga Fischer, der Bürgermeister von Wilhelmsdorf Dr. Hans Gerstlauer, Staatsekretär Rudolf Köberle, das ehemalige Mitglied des Vorstands der Volksbank Altshausen Winfried Metzler und der Provinzial der Steyler Missionare Pater Bernd Werle SVD.  Als Vorstand wurden berufen der ehemalige Hauptausbildungsleiter bei der EnBW Johannes Dietenberger und Schulleiter Klaus Schneiderhan.

Auf seiner konstituierenden Sitzung am 11. November 2008 wählten die Mitglieder des Stiftungsrates Herrn Staatssekretär Rudolf Köberle zu ihrem Vorsitzenden. Stellvertreter ist der Provinzial der Steyler Missionare Pater Bernd Werle SVD. Da die Schulstiftung Studienkolleg St. Johann Blönried ein Teil der Schulorganisation der Schulstiftung der Diözese Rottenburg-Stuttgart ist, wurde die Sitzung von Stiftungsdirektor Dr. Saupp geleitet.

Das Bild zeigt die ernannten Mitglieder des Stiftungsrates und des Vorstandes am 19. Juli 2008 mit Dr. Gebhard Fürst, dem Bischof der Diözese Rottenburg-Stuttgart.